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Clin Epigenetics | cfDNA混合，DNA甲基化芯片的现实策略
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循环游离DNA (cfDNA) 浓度极低，通常1 ml血浆中只能提取出1-100 ng cfDNA；
MethylationEPIC 甲基化芯片要求的样本量虽然降低，最低起始量仍至少需要250 ng DNA；
850K甲基化芯片应用于患者cfDNA甲基化检测，似乎是难以实现的奢望......
其实，可以尝试同一分组的不同个体cfDNA等量混合，以满足芯片的最低起始量！
期刊：Clinical Epigenetics
影响因子：4.987
日期：16 April 2018
患者分组情况
无肿瘤对照组、晚期腺瘤组、结直肠组，各组2次混合
每次由10位性别、年龄匹配的患者cfDNA等质量混合
设定10位患者cfDNA混合的考虑：
混合后DNA尽可能满足甲基化芯片的最低DNA实验起始量；
降低由于人数过多而发生人群分层；
减少由于人数过多而存在难以发现的复杂变量
cfDNA混合方法
2种混合方法进行比较：
混合方案Ⅰ 将不同患者的cfDNA都稀释到同一浓度，等体积混合至同一离心管中；
混合方案Ⅱ 计算不同患者的各自cfDNA浓度，将同一质量的不同体积cfDNA直接添加到同一离心管中；
比较结果 混合方案Ⅱ的浓度偏差<5%，方法更准确
混合的cfDNA分别转化、扩增、杂交DNA甲基化芯片
甲基化芯片数据质量控制
QC报告符合要求：
1. CpG位点检测比例>99%
（混合样本增加了探针检出率）；
2. 甲基化水平分布图与常规结果一致；
差异甲基化分析
文献中未涉及的待补充试验
需要增加更多样本数量和更广泛的病理分型；
差异甲基化位点需要在单独样本中实时定量验证
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琪先生
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